VfB Stuttgart

Lulusan akademi dari VfB Stuttgart, Werner mewakili kelab di pelbagai peringkat belia. Semasa musim 2012-13, dia dinaikkan pangkat ke U-19 walaupun hanya berusia enam belas tahun pada masa itu. Dia menjaringkan 24 gol untuk kempen itu dan mendapat ganjaran untuk dia ketika memenangi Pingat Emas U-17 Fritz Walter Medal pada 2013.[2]

Dia membuat kemunculan sulungnya pada tahun itu dalam perlawanan UEFA Europa League fasa kelayakan 2013-14 terhadap PFC Botev Plovdiv].[2][3] Selepas itu, dia menjadi pemain termuda yang pernah bermain dalam perlawanan rasmi untuk Stuttgart pada usia 17 tahun, empat bulan dan 25 hari, memecahkan rekod yang sebelum ini dipegang oleh Gerhard Poschner.[2][4] Pada minggu-minggu berikutnya dia juga menjadi pemain termuda Stuttgart di Bundesliga dan di DFB Pokal, dan pencetak gol paling termuda selepas menjaringkan gol pertamanya untuk kelab melawan Eintracht Frankfurt.[4] Dia memecahkan rekod lain pada 10 November apabila dia menjaringkan brace dalam kemenangan 3-1 atas SC Freiburg, sehingga menjadi pemain termuda dalam sejarah Bundesliga untuk menjaringkan dua gol dalam satu perlawanan.[5]

Pada hari ulang tahunnya yang ke 18 Werner menandatangani kontrak profesional sehingga Jun 2018 dengan VfB Stuttgart. Dia terus menjaringkan 14 gol dalam 96 penampilan liga, di mana dia menjadi pemain termuda untuk membuat 50 penampilan Bundesliga dalam sejarah persaingan.[2][6][7] Rekod itu kemudiannya dipecahkan oleh Kai Havertz pada tahun 2018.[8]Stuttgart diturunkan pada Mei 2016 yang mendorongnya menyertai kelab baru RB Leipzig bulan berikutnya.[9][10]

RB Leipzig

Pada 11 Jun 2016, Werner bersetuju untuk kontrak empat tahun dengan RB Leipzig untuk bayaran perpindahan yang dilaporkan sebanyak € 10 juta, yang terbesar dalam sejarah kelab.[10][11] Pada 26 September 2016, dia menjadi pemain termuda untuk bermain dalam 100 perlawanan Bundesliga ketika dia muncul dalam perlawanan melawan 1. FC Köln pada usia 20 tahun dan 203 hari.[12] Dengan berbuat demikian, dia memenangi rekod yang dipegang oleh Julian Draxler sebanyak 22 hari.[13] Werner mengakhiri musim 2016-17 Bundesliga dengan 21 gol, menjadikannya penjaring gol tertinggi Jerman di bahagian itu, dan membantu RB Leipzig untuk layak ke Liga Juara-Juara UEFA buat kali pertama dalam sejarah kelab.[14][15]

Pada bulan Mac 2018, dalam pertandingan melawan bekas kelab, Stuttgart, Werner menjadi pemain termuda untuk mencapai kejayaan 150 penampilan Bundesliga, mengatasi rekod yang dimiliki oleh Karl-Heinz Körbel.[16] Kemudian bulan itu dia membantu Leipzig mengalahkan Bayern Munich Bayern Munich untuk kali pertama ketika dia menjaringkan gol kemenangan dalam kemenangan 2-1.[17]